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Reference:
http://npo.ii-support.jp/seturitu-qa/page066.html

NPO法人の住民税の減免

Q.私のNPO法人は全く収益事業をやっていないのですが、法人住民税の減免手続きをしなければいけないのでしょうか?
 
A.結論から述べると届け出は必要です。会社や法人は原則として存在するだけで、法人住民税(均等割)という種類の税金がかけられます。
法人住民税(均等割)は、「活動している・していない」「収益が黒字である・赤字である」に関係なく、『法人が存在しているかどうか?』に対して課税する・しないが決定されます。

金額は都道府県や市町村によって異なりますが、

  • 都道府県に支払う法人住民税(均等割):年額2万円~2万2000円
  • 市町村に支払う法人住民税(均等割):年額5万円~6万円

の合計7万円~8万2000円です。

ただし、全く収益を得る活動を行っていない、寄付金や会費のみで運営しているNPO法人からも税金を取るのは忍びない、ということで、
「税法で定めている33種類の収益事業を行っていないNPO法人は、届け出をしてもらえば、この法人住民税(均等割)を免除しよう」
と規定している自治体が数多くあります。

(税法で定める34種類の収益事業に関する説明はこちら)
事実、免除される金額の大小、免除する期間等の差はありますが、都道府県に支払う法人住民税(均等割)には、すべての都道府県にて「届け出さえあれば免除する(減免する)」という規定がありますし、市町村レベルでも半数以上の市町村にて法人住民税(均等割)の減免に関する規定が存在しています。

よって、NPO法人の場合、「税法で定められた収益事業を行っていないから、税金に関する届け出は何も必要ない」ということはなく、「税法で定められた収益事業を行っていないので、法人住民税(均等割)の課税を免除してもらう為に届け出を行う」ということになります。

課税される事業・活動を行っていなくても、税金に関する届け出はNPO法人の場合、必ず必要なのです。ただ、

  • 課税されるNPO法人:事業年度終了後2ヶ月以内に税務進行
  • 課税されないNPO法人:毎年4月頃に法人住民税の減免申請書の提出

と手続を行う時期が異なるだけなのです。

法人住民税(均等割)の減免の届出書の提出期限は、都道府県・市町村によってバラバラなので一概にはいえませんが、多くの自治体で「4月半ば」から「4月末まで」と設定しています。よって、毎年4月になったならば、収益事業を行っていないNPO法人はすぐに届け出の準備に取りかかりましょう。提出日に一日でも遅れてしまいますと減免してもらえず、納税しなければいけなくなりますので注意してください。

法人住民税(均等割)の減免申請書は、3月末~4月10日ぐらいまでの間に、事務所に郵送されてきます。減免申請書を郵送していない自治体も結構ありますので、4月10日を経過しても申請書が送られてこない場合は、都道府県税事務所や市町村役場の税務課などに電話で問い合わせてみてください。

さらにややこしいことに、自治体によっては、
毎年提出が必要なところ(大阪府や大阪市など)
一度提出すれば次年度から提出する必要がないところ(兵庫県など)
法人設立届けの提出時に「収益事業はしません」と申し出をしておけば、減免の届け出自体が必要ないところ(吹田市など)
と自治体によって対応がバラバラなのが非常にやっかいなのです。
よって、「あのNPO法人は何も届け出を行っていなくても税金が減免されたから、同じ様な活動をしている私たちも、届け出なしで免除されるだろう。」というような推測は一切せずに、必ず自治体の税務担当課に確認するようにしてください。

※さらに、さらに、この問題を難しくしているのが、自治体によっては税法で定める収益事業を行っていても、設立後●期以内で赤字決算のNPO法人ならば減免の対象にします、というところも数は少ないですがあります。(京都府など)
 
収益事業を行っているNPO法人も赤字ならば、「収益事業を行っていますが赤字なんです。法人住民税の減免は受けられませんか?」と税務担当課に尋ねてみた方がいいでしょう。

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